一、生物燃料的燃烧燃料造成的锅炉负荷
生物质锅炉之所以清洁环保在于其使用燃料是生物质颗粒燃料，这种燃料是农林秸秆废弃物经过加工制成的，燃烧清洁无污染；而燃煤锅炉的使用燃料是矿石燃料煤炭，使用时产生了较多的粉尘、硫氧化物、氮氧化物。生物质锅炉燃烧生物质颗粒燃料，污染性排污物较少，因此具有较高的环境优势；而燃煤锅炉污染性气体排放较多，造成了极大的环境污染以及生态破坏。

生物质锅炉虽然燃烧清洁，但是相比于燃煤锅炉来说，负荷较低，还没有发展到很成熟的阶段。

二、实际运行中能源在锅炉使用成本上的差异
燃煤锅炉煤质易波动，煤量计量普遍存在一定的问题；锅炉本体设计、司炉人员操作水平、煤质不稳定、积灰等原因导致实际层燃锅炉（20T以下链条锅炉）平均运行效率均低于70%，部份锅炉甚至低于60%（摘自哈工大赵钦新教授在工业锅炉行业协会上的报告）；据测算，燃煤锅炉电耗、除渣除尘水耗、人工、维保配件等费用折算成本约20元/吨蒸汽。
生物质锅炉的燃烧原料成份复杂，加工方法不一，故其热值波动较大，针对与节能减排治理环境污染来说，具有较高的经济效益和社会效益，成本相应的必经高。
三、锅炉使用的燃料有区别
燃煤锅炉使用的煤燃料供给有保障，技术成熟，司炉人员熟悉，使用成本低。生物质锅炉的燃料生物质符合国家可再生能源政策及减排政策，具有广阔的推广前景和显著的社会意义。